扬州水利建筑工程有限责任公司于1956年8月成立，名为“扬州专区农田水利工程队”,后相继更名为“江苏省扬州专区水利基建工程队”、“扬州市水利基建工程处”，隶属于扬州市水利局。1993年增挂“扬州水利建筑工程公司”牌子，为两块牌子一套机构，原单位性质，级别隶属关系等不变。2005年6月扬州市水利基建工程处转企改制，扬州水利建筑工程公司继续实施自身改制和转换经营机制。2018年3月扬州水利建筑工程公司经扬州市国资委批准划转至扬州市水务投资集团有限公司。现为扬州市水务投资集团有限公司下属的独立子公司，目前公司现下设综合管理部、市场经营部、工程（设备）管理部、安全监督部、财务部五个职能部门和七个分公司。